W listopadzie 2023 r. Business Insider Polska ujawnił kluczowe ustalenia nieopublikowanego jeszcze raportu NIK dotyczącego planowania i realizacji drogi wodnej przez Mierzeję Wiślaną. NIK następnie opublikowała pełne wyniki kontroli, wskazując m.in. na wzrost wartości programu z 880 mln zł do blisko 2 mld zł oraz 213,4 mln zł wydatków, które według Izby poniesiono z naruszeniem przepisów prawa. Kontrola obejmowała działania Ministerstwa Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej oraz Urzędu Morskiego w Gdyni; NIK zaznaczyła przy tym, że nie badała zasadności inwestycji z punktu widzenia bezpieczeństwa państwa. Po kontroli NIK złożyła dwa zawiadomienia do prokuratury. Prokuratura Regionalna w Gdańsku połączyła w jednym śledztwie m.in. wątek byłego dyrektora Urzędu Morskiego oraz podejrzenie niedopełnienia obowiązków przez byłego ministra Marka Gróbarczyka w latach 2016–2020. W maju 2026 r. prokuratura informowała, że śledztwo trwa, nikomu nie przedstawiono zarzutów, a jego termin przedłużono do 17 października 2026 r.