W 2023 r. premier Mateusz Morawiecki przeznaczył z rezerwy ogólnej budżetu państwa 5 734 970 zł dla Fundacji Niezależne Media na projekt „Akademia Demokracji”. Kilka miesięcy później media ujawniły, że ta sama fundacja przygotowała broszury dotyczące referendum z 15 października 2023 r., kolportowane przez Pocztę Polską i wskazujące odpowiedź „nie” na wszystkie cztery pytania. Nie potwierdzono jednak, że broszury zostały sfinansowane z dotacji na „Akademię Demokracji”, a Fundacja temu zaprzeczyła. Kontrola KPRM z 2024 r. oceniła rozliczenie projektu jako nieprawidłowe i wskazała ponad 5,2 mln zł wydatków niezgodnych z umową. KAS skierowała do prokuratury zawiadomienie dotyczące wniosku o dotację. W 2025 i 2026 r. KPRM wydała decyzje o zwrocie środków, a w lipcu 2026 r. urząd skarbowy zajął rachunki Fundacji; KPRM dochodziła 5,7 mln zł i 857 tys. zł odsetek. Fundacja kwestionuje te decyzje i poinformowała o ich zaskarżeniu.